La diclonius Lucy escapa del centro de investigación en el que estaba encerrada, aunque al sufrir una grave herida en la cabeza desarrolla una doble personalidad (Nyu). Poco después es encontrada por los jóvenes Kouta y Yuka, quienes la acogen en su casa.
«¡Ejecución rápida!»«Im Innersten (Dentro del corazón)»
«Kyōri»
(胸裡)
8 de agosto de 2004
La silpelit Nana es liberada de su confinamiento con la orden de buscar y traer de vuelta a Lucy al centro de investigación. Mientras tanto, una niña llamada Mayu, que ha huido recientemente de su casa, devuelve a Kouta el paraguas que se dejó en la playa durante el encuentro con los soldados enviados tras Lucy.
Lucy y Nana combaten en el cementerio de la ciudad, resultando Nana derrotada y malherida. Justo antes de que Lucy la remate, el director Kurama aparece con refuerzos e impide su muerte. Por otra parte, Mayu es acogida en el hogar de Kouta, teniendo de nuevo un lugar donde vivir.
Se revela el trágico pasado de Mayu y la razón por la que abandonó su hogar. Kouta y Yuka llevan consigo a Nyu a la universidad donde estudian; un profesor, llamado Kakuzawa, reconoce a Nyu y les cuenta que es pariente suyo, haciéndose cargo de ella.
«¡Ejecución rápida!»«Herzenswärme (Corazones en llamas)»
«Chūjō»
(衷情)
29 de agosto de 2004
El soldado Bando escapa del hospital para vengarse de Lucy por las heridas que le hizo y por cómo lo humilló. El cuerpo decapitado del profesor Kakuzawa es encontrado por su asistente, Arakawa, y Kouta. Éste y Yuka encuentran a Nyu, llevándola de regreso a casa.
Kurama libera a Nana, a la que ha dotado de unas extremidades artificiales que sustituyan las perdidas en el combate contra Lucy; también le da suficiente dinero para que pueda vivir por su cuenta durante una temporada. Mayu se encuentra con Nana y se hacen amigas. Mayu la invita a casa de Kouta, donde Nana ataca a Nyu al reconocerla.
Se explica el pasado de Lucy, desde cuando era una niña y hasta que desató sus instintos asesinando a sus compañeros del orfanato, los cuales la maltrataban por sus diferencias físicas.
Se narra el inicio de la relación entre Lucy y Kouta, cuando de niños se conocen. El último día que pasan juntos visitan el zoológico, pero al despedirse se manifiesta la personalidad asesina de Lucy.
La nueva familia de Kouta crece aún más al incorporarse definitivamente Nana al grupo. Se revela el pasado de Kurama y cómo entró a formar parte de los laboratorios de investigación de diclonius. Posteriormente, cuando nace su primera hija y se descubre que es una silpelit, se enfrenta a la difícil decisión de matar a su propia hija.
Los responsables de los laboratorios de investigación liberan a Mariko, la hija de Kurama, para que traiga de vuelta a Lucy. Nana se enfrenta a Mariko, queriendo preservar a su nueva familia.
Mariko y Lucy se enfrentan, resultando ésta vencida. Kurama detiene a Mariko y mueren juntos al detonar la bomba que la silpelit portaba en su interior. Tras un beso, Lucy se despide de Kouta, se va y se enfrenta a un grupo de soldados. Aunque no se le ve morir, se aprecia como el último de sus cuernos se rompe.