Sasuke activa el sello maldito ya que a pesar del aumento de poder que obtuvo, su Chidori no pudo derrotar al Rasengan de Naruto, así obtiene cierta ventaja. Sasuke realiza un Chidori a Naruto que logra evadirlo usando su mano izquierda, Sasuke se dispone a rematarlo pero Kyūbi salva a Naruto. Naruto recuerda su pasado y cómo admiraba y quería ser amigo de Sasuke y cómo todo esto se venía abjo. Al final arde en ira mientras le grita a Sasuke que lo llevará de regreso a Konoha.
Sasuke no puede evitar el ataque frenético de Naruto, quien lucha con la misma ventaja que este otro al usar el chakra de Kyūbi. Al amenazarle con seguirle golpeándolo, Sasuke le reprocha de que él no puede sentir lo mismo que él sintio al perder a su familia,ya que él nunca tuvo una. Naruto le dice que él es como un hermano, pero Sasuke decide sólo luchar y no hablar. Sorpresivamente, Sasuke logra aumentar su Sharingan a un nivel mayor (3 comas) y así logra anticipar los ataques de Naruto, obteniendo ventaja en la batalla. Con este nuevo Sharingan lo deja fuera de combate pero el Kyūbi transmite más chakra a Naruto y libera una de sus nueve colas en forma de un chakra rojo carmesí que cubre a Naruto con la forma de un zorro. EntretantoKakashi y Pakkun están en búsqueda de Naruto y Sasuke. Esta vez Naruto toma una ventaja abrumadora ya que sus ataques son totalmente impredecibles y poderosos. Sasuke al verse en desventaja hacia Naruto, activa su sello maldito en el segundo nivel aun sabiendo que esto es muy riesgoso.
Sasuke decide acabar la batalla de una vez y usa un tercer Chidori, diferente a los anteriores ya que éste tiene un color negro. Naruto hace un Rasengan combinando su chakra con el de Kyūbidando como resultado un color morado. Así después de un pequeño flashback sobre sus momentos juntos, ambos chocan sus respectivos ataques formando una gigantesca explosión de chakra. Kakashi y Pakkun se percatan de que algo sucede, ya que el cielo se oscurece, y se apresuran. La explosión toma forma de esfera negra empieza a abrirse y adentro se observa a Naruto y a Sasuke a punto de desmayarse. Un rato después Naruto está inconciente en el suelo y Sasuke de pie, quién empieza a sangrar como consecuencia chakra que agotó con su Chidori. Como ya no tenía fuerzas decide irse y no matar a Naruto. Kakashi y Pakkun llegan y se llevan a Naruto. Al final aparece Zetsu, un miembro de Akatsuki, que parece haber estado viendo el combate.
Sakura quiere irse en busca de Sasuke, pero Naruto logra alcanzarla para ir con ella. También aparece Jiraiya y les dice que el Quinto Hokage les ha mandado una misión para traer información sobre la Aldea Oculta del Sonido. Los tres juntos parten hacia allí.
Al salir de un pueblo Sakura y Naruto son atacados por 3 guardaespaldas de Orochimaru, huyen y rescatan a una joven llamada Sasame que les cuenta la historia de su clan, el Clan Fūma. Después son atacados por los 3 guardaespaldas de Orochimaru.
Los 3 guardaespaldas resultan ser tembién del Clan Fūma , son vencidos por Naruto y Jiraiya. Los 3 guardaespaldas huyen para pedir ayuda a Orochimaru y atacarle por traicionar a su clan pero éste les mata fríamente.
Finalmente entran en el castillo de Orochimaru, al entrar deben elegir entre 3 caminos: Jiraiya entra en uno, Naruto y Sakura en otro y Gamakichi por otro. Sólo Sakura prosigue el camino y se encuentra a Kabuto y Orochimaru.
Naruto lucha contra Arashi. Arashi le hace una técnica que está a punto de matarlo pero Sasame y Sakura impiden que Arashi pueda acabar con Naruto. Jiraiya los saca del castillo, que se está derrumbando. Arashi se queda dentro.Tsunade acepta a Sakura como discípulo.
Todos comienzan a entrenar nuevamente, los ninjas de la arena ahora aliados se despiden y se van de Konoha. Kurenai y Asuma son enviados por Tsunade a investigar algo sospechoso probablemente realacionado con Orochimaru en la Prisión Correcional de Konoha, descubren muy tarde que los prisioneros se han amotinado y piensan escapar encabezados por Mizuki y por los hermanos Fuujin-Raijin.
Kurenai y Asuma son derrotados por los prisioneros. Shizune y su equipo son guiados por el olfato de Ton-Ton hasta Mizuki, pero con la ayuda de los hermanos Fuujin-Raijin son derrotados y heridos. Kurenai y Asuma se recuperan en el hospital y después Ton-Ton guía a Naruto hasta donde Shizune, donde junto con Iruka y Pakkun descubren que es una trampa de Mizuki y los hermanos Fuujin-Raijin.